A fines de 1997 y gracias a la labor docente y de investigación desarrollada desde los comienzos, el CEMIC fue reconocido por el Poder Ejecutivo Nacional y autorizado para crear el Instituto Universitario CEMIC..
A partir de 1998 y ya funcionando el IUC, la Comisión Nacional de Evaluación y Acreditación Universitaria (CONEAU), acreditó las 6 Carreras de especialización sobre la base de las Residencias Médicas correspondientes.
La Carrera de Medicina comenzó a funcionar en 1999 y fue acreditada por la CONEAU en 2001, 2005, 2009 y 2013. En 2006 y 2011 fue acreditada por el MERCOSUR Educativo, constituyéndose así en una de las tres carreras de medicina de la República Argentina que cuentan con esta acreditación y que por ello participan del Programa Movilidad Estudiantil del MERCOSUR (MARCA).
En 2002, se creó la Unidad Académica Instituto de Investigaciones, la que junto con la Dirección de Investigación del CEMIC, ha desarrollado una intensa labor científica reconocida nacional e internacionalmente.
En 2003 se incorporó la carrera de Citotecnología, de dos años de duración y que tuvo como antecedente el curso de Citotecnología que el CEMIC dictó durante más de veinte años.
En 2009 se comenzó a dictar la carrera de Licenciatura en Enfermería, en 2012 la de Licenciatura en Nutrición y en 2015 la de Licenciatura en Terapia Física.
En 2015 además ha comenzado el Doctorado en Ciencias Médicas, carrera que otorga la más alta distinción a la que pueden aspirar los graduados universitarios.
En 2016 se comenzaron a dictar las carreras de Especialización en Docencia Universitaria en Ciencias de la Salud, Especialización en Oncología, Especialización en Urología y Especialización en Odontología General que se sumaron a las carreas de Especialización que ya estaba en funcionamiento: Especialización en Anatomía Patológica, en Bioquímica Clínica, en Clínica Médica, en Cirugía General, en Diagnostico por Imágenes, en Genética Médica, en Infectología, en Medicina de Familia, en Nefrología, en Ortopedia y Traumatología, en Pediatría, en Tocoginecología.
En 2017 comenzaron las residencias universitarias de Hematología, Cardiología y Reumatología que se suman a las existentes: Dermatología y Anestesiología.
En suma, en la actualidad el IUC cuenta con una carrera de pregrado, cuatro carreras de grado, dieciséis carreras de Especialización y la carrera de Doctorado, además de cinco Residencias Universitarias.